Misato invita a Shinji y a sus dos amigos a un supuesto paseo que se convierte en un viaje hasta una zona del mar donde se encuentra una flota de acorazados militares transportando al EVA-02. Al aterrizar conocen a Asuka, piloto de esa unidad y Kaji, quien parece tener una historia pasada con Misato. Gaghiel, el sexto ángel ataca y Asuka, de personalidad muy fuerte, decide hacerle frente sin consultar a nadie y junto a Shinji abordan la unidad EVA-02. Mediante un plan de Misato, "pescan" al ángel con forma de monstruo marino. Kaji recibe un llamado misterioso y decide abandonar el barco en un jet antes de correr peligro. Luego entrega el Adam a Gendo

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...