En la segunda rama (sede americana en Nevada, EE.UU.) intentaron aplicar el dispositivo S2 a la unidad EVA-04 y como resultado del experimento, la base íntegra desapareció sin explosión ni rastro alguno. Se supone que sucedió algo similar a la absorción del EVA-01 y que fue transportada a la zona del Mar de Dirac. El EVA-03 es fabricado en EE. UU. y pasa al poder de NERV, por lo que necesita un nuevo piloto. El elegido es Touji Suzuhara. Misato no sabe como decirle esto a Shinji, porque teme lastimar sus sentimientos, ya que pilotar un EVA implica un gran peligro.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...