Shinji entra en fase introspectiva cuestionando sus sentimientos, e intenta comprender si era realmente necesario matar a Kaworu. Asuka se cuestiona su capacidad, no desea parecer completamente inútil y ser descartada, pero su mayor temor es la soledad. Rei busca en su interior el porqué de sus existencias, mientras Misato afronta su relación con Kaji y los problemas de su padre, además que reconoce que le gusta "sentirse sucia", es decir, le gusta buscar a los hombres. Todos los personajes se dan cuenta de que de alguna manera están incompletos y por el hecho de ser humanos son imperfectos. Necesitan completarse con otras almas para alcanzar la felicidad que les ha sido negada hasta ahora. Lo cual es el verdadero proyecto de Gendo y NERV, convertir a toda la humanidad en un solo ser completo, equivalente a un dios.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...