Ritsuko y Misato son invitadas a una demostración de un prototipo de combate con generador propio llamado JA (Jet Alone), desarrollado por una organización que rivaliza con NERV. Ritsuko advierte al jefe de ese proyecto que un equipo de combate de esa naturaleza es inseguro y que corre riesgo de explotar por sobrecalentamiento. Pero lo único que consiguen es quedar en ridículo, con la mala experiencia en donde Shinji pierde el control del EVA-01. Ritsuko sabotea con su computadora el programa del JA, haciendo que el experimento falle y poniendo en peligro las vidas de miles de personas, sólo para demostrar que NERV no puede reemplazarse. Misato, junto a Shinji (sin saber lo que Risuko hizo) detienen al prototipo. Al final del episodio, se conoce que Ritsuko actuaba bajo las órdenes de Gendo.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...