Debido a la incapacidad de Asuka de pilotar, que además se encuentra en estado catatónico, SEELE envía a un misterioso Fifth Children (quinto elegido) llamado Kaworu Nagisa. Este chico se gana la confianza de Shinji, con el que mantiene una relación. Kaworu resulta ser el décimo séptimo Ángel que toma posesión del EVA-02 sin pilotarlo intentando alcanzar a Adán. Shinji lo persigue y lucha con el EVA-02 al que finalmente destruye, pero Kaworu alcanzó a Lilith, mas no a Adán y entonces se niega a provocar el Tercer Impacto, pidiéndole a Shinji que lo mate. A Shinji no le queda otra alternativa que hacerlo, pero lamenta el horror de tener que quitar la vida a la única persona que dijo que lo amaba. NERV entonces, elimina al último Ángel esperado.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...