El capítulo inicia con un resumen de los combates contra los 9 primeros ángeles, mencionando uno a uno los ataques de estos y la forma en que fueron derrotados (el 11° es sobre lo que cuestiona el Consejo de Seguridad al comandante Ikari) Gendo y Fuyutsuki niegan a la ONU el ataque de Ireul, para guardar las apariencias. En NERV se hace una prueba de intercambio de unidades. En un principio se coloca a Rei en el EVA-01 donde experimenta sensaciones que la llevan a cuestionar su existencia, por primera vez. Más tarde, Shinji se sincroniza con el EVA-00 pero el experimento se descontrola como sucedió con Rei, días antes de la llegada del tercer ángel. El EVA-00 aparentemente busca atacar a Rei, sin embargo luego de que se le acabe la energía, Ritsuko murmura que era ella a quien intentaba atacar.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...