Seele utiliza a Kaji para secuestrar a Fuyutsuki para interrogarlo acerca del Proyecto Evangelion, Gendo y las verdaderas intenciones de NERV. De esto se esclarecen varios puntos acerca de la historia. Se explica como se fundó NERV, en qué consiste el Plan de Complementación Humana, qué es exactamente un Evangelion. También aparece la madre de Ritsuko matando a la primera Rei antes de suicidarse. El Dr. Fuyutsuki es liberado y Kaji es asesinado. Misato recibe en el contestador automático de su casa el último mensaje de Kaji.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...