Misato intenta despertar a Shinji pero se da cuenta de que él ha abandonado su habitación. Al no soportar las presiones a la que lo han estado sometiendo, decide desligarse de sus compromisos y emprende una fuga. Realmente no tiene manera de escapar y lo único que pretende es permanecer solo con sus reflexiones, mientras deambula por trenes sin rumbo fijo y salas cinematográficas. Cuando decide regresar, encuentra a Kensuke acampando en las afueras, quien fantasea con el sueño de una heroica vida militar. En él encuentra un amigo con quien desahogarse. La charla dura una noche ya que a la mañana siguiente los agentes de NERV encuentran a Shinji y lo obligan a volver. La Dra. Ritsuko Akagi se presenta como amiga de Misato y jefa del departamento de investigaciones científicas

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...