Shinji Ikari es convocado por su padre Gendo, jefe de la organización NERV a quien no ve desde hace diez años. Mientras espera a que vayan a buscarlo, es testigo del ataque de un monstruo gigante, a quien más tarde se la daría el nombre del Ángel Sachiel. Misato Katsuragi lo rescata, no sin antes llevarse un buen susto mientras escapan a toda velocidad en su auto. En la base de operaciones de NERV, se entera de los verdaderos motivos de su padre: pretender pilotar una unidad de combate llamada EVA-01 y enfrentarse al monstruo que azota la ciudad. Shinji se niega a hacerlo, al ver que su padre sólo quiere utilizarlo. Ante la situación, Gendo ordena a una niña que se encuentra allí a prepararse y salir a pelear nuevamente, aún teniendo en cuenta que se encuentra gravemente herida. Este acto de crueldad hace cambiar de parecer a Shin

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...