Misato comienza a mostrar síntomas de depresión por la pérdida de Kaji. Se da cuenta de que su último regalo fue la información de las tareas de espionaje que NERV le había dado. Armisael, el décimo sexto ángel ataca y Asuka pierde por completo su sincronización, siendo Rei la que debe hacerse cargo otra vez. Pero las cosas salen mal y es invadida psicológicamente, creando una introspección en la víctima. Finalmente se autosacrifica para matar al ángel, esa misma noche, Shinji esta completamente destrozado, Misato intenta confortarlo pero él no se deja. Misteriosamente Rei aparece viva. Misato sabía algo y encuentra a Ritsuko, amenazándola a punta de pistola para obligarla a revelar la verdad. Ritsuko la conduce junto a Shinji a una habitación con varios EVA desechos y varios clones de Rei Ayanami, sin alma.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...