En la escuela se organiza una excursión a las platas de Okinawa. A Shinji, Asuka y Rei no les permiten ir para estar siempre disponibles por si ataca algún ángel. La situación de revierte mediante MAGI, la computadora de NERV, cuando descubren que hay un embrión de ángel en las profundidades de un volcán. Se decide poner en práctica el plan A-17 que consigue en intentar capturar vivo al ángel antes que se desarrolle. Asuka es designada para la misión pero el ángel despierta y ataca. Se defiende y logra vencerlo, pero logra salir del magma gracias a la ayuda de Shinji.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...