En un flashback, vemos el pasado de Misato, quien quince años atrás su padre la salva de una muerte segura, tras el Segundo Impacto. La cicatriz que lleva en su cuerpo le recuerda estos sucesos mientras se viste frente al espejo. Se convierte en la tercera autoridad jerárquica de NERV tras un ascenso y se organiza una fiesta para festejarlo, pero Sahaquiel, el décimo ángel se aproxima. El plan de Misato consiste en usar a las tres unidades para contener con sus propias manos el descenso para que, finalmente, Asuka le de muerte, con un ataque certero, al ángel.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...