Shinji mejor adaptado a su nueva vida, comienza a concurrir a la escuela. Pronto se da cuenta de que esa niña piloto que conoció en NERV es su compañera de clase y que además se llama Rei Ayanami. Conoce también a dos compañeros, Kensuke Aida y Touji Suzuhara, quienes en un principio reniegan de Shinji, algo que a él no le afecta ya que está acostumbrado a la soledad. Aparece Shamshel, el cuarto ángel y Shinji debe hacerse cargo de sus obligaciones y salir a pelear. Todo se complica cuando se da cuenta que los dos chicos de su colegio no se ocultaron como el resto de la gente, y se encuentran cerca del área de combate expuestos al Ángel. Shinji los rescata y ofrece refugio en el interior del EVA, con el inicio de una amistad.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...