Un apagón general azota Tokio-3 y los tres generadores independientes de NERV tampoco funcionan. Todo indica que se trata de un sabotaje, y los pilotos quedan fuera de la base para empeorar la situación. Matarael, el noveno ángel aparece y se aproxima a NERV. Tras varios intentos, los pilotos llegan a la sala de abordaje justo a tiempo para el combate. Primero son sorprendidos por una lluvia de ácido que los inutiliza momentáneamente y les hace perder armas. Luego gracias a una estrategia de protección de Asuka, consiguen derrotarlo, siendo esta la primera vez que los tres EVA trabajan juntos.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...