Shinji altera su percepción apareciendo en una dimensión paralela, donde sus padres viven con él, Asuka es su amiga de toda la vida y lo pasa a buscar todos los días para que no se quede dormido, mientras que Rei es la nueva alumna que llama la atención, es extrovertida y simpática con el resto de sus compañeros. En ese mundo, Fuyutsuki es el director de la escuela, Misato es una profesora muy sexy y Pen-Pen es un juguete. Es el mundo en el que siempre quiso vivir, la realización de su sueño creado por él, donde no tiene que subir al EVA y puede expresar sus sentimientos. Todos los seres humanos eligen como vivir, cada uno en un mundo diferente donde existen verdades diferentes de cada uno. Todas las personas que viven en el corazón de Shinji lo rodean al final y lo aplauden, porque al fin ha conseguido encontrar el significado de la vida y la felicidad verdadera.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...