Misato elabora una estrategia para vencer a Ramiel y sabe que cuenta con muy poco tiempo y pocas posibilidades de triunfar, pero aun así es optimista. Mediante unos señuelos, se comprueba que el ángel ataca automáticamente a cualquier blanco que se aproxime a su radio de percepción, por lo que la única salida es atacar a distancia por sorpresa, desactivando su campo AT momentáneamente. Shinji será el encargado de usar el prototipo del Rifle de Positrones experimental para dispararle, (el cual necesita de 180 GigaWatts que serán absorbidos de toda la energía de Japón), mientras Rei usa un escudo capaz de contener el ataque del ángel por 17 segundos. La operación se llama "Yashima Operation". A pesar de la gran lucha, Shinji acierta en el segundo disparo, a tiempo para rescatar a Rei quien lo protegía con su escudo.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...