Enfurecido al ver a su amigo casi muerto, Shinji se pone en contra de su padre y quiere destruir el Geofront, pero es detenido aumentando la presión de LCL. Suzuhara sobrevive pero pierde una pierna. Shinji decide abandonar NERV, enojado con su padre. Zeruel, el décimo cuarto ángel llega y la primera en intentar detenerlo es Asuka, pero no tiene éxito. Para empeorar las cosas, cortan los brazos y cabeza del EVA-02. Rei intenta pelear con el prototipo 00, pero no tiene ninguna oportunidad. Shinji que está en regresar dadas las circunstancias, se cruza con Kaji que lo convence de que no huya de sus responsabilidades. Con la sincronización más alta que tuvo hasta ahora (400%), vence al ángel aún después de quedarse sin energía. Después de esta lucha, el EVA-01 se come el núcleo S2 del ángel, demostrando que puede regenerarse por sí mismo.

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...