Luego de su viaje a Kioto, se confirma que Kaji es un espía. Con motivos de una boda, Ritsuko, Misato y Kaji se juntan en la fiesta, como en los viejos tiempos. Misato se emborracha y en un momento se aleja para ir al baño. Kaji aprovecha para coquetear con Ritsuko quien le advierte lo peligroso que es "jugar con fuego", dándole a entender su sospecha de las actividades de espionaje realizadas por él. Kaji decide acompañar a Misato hasta su casa en el trayecto Misato se cae y luego empieza una discusión entre ellos pero esto termina en un beso. En el camino ella se disculpa por haber hecho que su relación de novios fracasara. Mientras que en la casa Asuka reta a Shinji a que no es capaz de besarla pero al final Asuka es la que besa a Shinji. Al final del episodio, Kaji intenta entrar a una zona restringida de NERV pero Misato lo sorprende en el acto y le apunta con una pistola en la cabeza. Él le muestra entonces lo que hay detrás de esa puerta, un supuesto Adam prisionero, que es la

En el año 1999, en la Antártida, ocurrió un cataclismo llamado El Segundo Impacto, como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como Ángeles. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, y la mitad de la población sucumbió en la catástrofe, aunque ahora la humanidad gradualmente se va recuperando. Años después, en el 2015, los Ángeles regresan y comienzan a atacar a la Tierra... Cada uno de los Ángeles es diferente de los demás, excepto por el hecho de que todos pueden generar un impenetrable escudo protector llamado Campo AT. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas, que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los Ángeles. Sólo niños específicos pueden pilotar los Evas: Shinji Ikari, el hijo de el jefe de NERV y que no desea pelear, la reservada Rei Ayanami y la exaltada (y algo amante del combate) Asuka Langley. Mientras combaten a los Ángeles uno a uno, van descubriendo más y más acerca de la naturaleza y el futuro de la humanidad...