Naruto sigue con su entrenamiento esta vez consigue partir la cascada en dos por motivación de Sasuke, quien se fue de Konoha... Sakura se siente rota ya que todos se han hecho más fuerte y ella es aún la más débil, pero rápidamente ella recuerda lo que Yamato le dijo > ella se sinete recuperada y está lista para demostrarle a todos de lo que está hecha... mientras tanto los otros 12 equipos ninjas están en busca de Kakuzu e Hidan quienes parecen se encontraran con el equipo Asuma...

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...