El equipo Yamato se dirigen a un único lugar donde pueden salir los ladrondes de tumbas, cuando llegan, se encuentran las cuatro tumbas dirgiendose hacia una montaña, El equipo Yamato las sigue, con Naruto y Sora por delante, dejando a el Monje solo por si hay una emergencia. Cuando Naruto y Sora los alcanzan, las tumbas desaparecen entre la tierra, Uno de los Ninjas que hizo la técnica se queda con las tumbas, y los otros tres hacen un Jutsu con el cual hace que entre montañas el equipo Yamato se disperse, y así, comienzan las peleas.

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...