Después de que Naruto supiera que él fue que atacó a Sakura, Yamato le dice a Naruto que si quiere rescatar a Sasuke y proteger a Sakura tendría que dejar de depender del chakra del Kyūbi. Mientras, Kabuto limpia sus instrumentos de medicina y Sai se da cuenta que perdió el libro de su hermano; Sakura empieza a leer el libro de Sai y llama a Naruto y a Yamato y ven que el libro de Sai narra las victorias de dos personaje de cabello negro y otro de cabello blanco, luego Naruto se da cuenta que el personaje de pelo negro es Sai y del cabello blanco su hermano. Más tarde, Kabuto, Sai y Orochimaru entran a la guarida sin saber que un clon de madera de Yamato los siguió y con el comunicador le avisa al verdadero Yamato, Sai logra ver a Sasuke mientras este le reprocha a Orochimaru por llegar tarde.

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...