Los ANBU atrapan a Danzō que quería escapar de Konoha a través de la Aldea de la lluvia, Sora confronta a Asuma, éste admite que si mató al padre de Sora, y éste, enfadado se lanza a por él con su garra de la muerte que ha tomado otra forma. Después, Naruto, que había estado observando, resulta herido mientras protege a Sora del ataque de un desconocido, probablemente miembro del "NE" Furiido le dice a Sora que debe matar a Asuma y a la quinta Hokage para tomar venganza. Sora lo intenta, pero Naruto lo detiene. Sora escapa cuando Shizune y otro ninja llegan para salvar a Naruto, pero este persigue a Sora. Es ese momento una extraña tormenta deja a Konoha sin luz.

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...