Naruto, Sakura y Yamato se dan cuenta que Sai es un traidor y que Danzō quiere destruir Konoha con ayuda de Orochimaru para después el ser Hokage. Naruto se desmaya, Yamato dice que deberían dejar a Naruto y que el regrese a Konoha por su cuenta. Yamato dice que no pueden perder la oportunidad de seguir a Orochimaru, entonces Naruto decide quedarse con ellos, pero con la advertencia de Yamato que si Naruto los retrasa tendrían que dejarlo atrás. Orochimaru y Kabuto hacen una trampa con una copia del cuerpo muerto de Sai. Naruto, Yamato y Sakura empiezan a buscar a Orochimaru, cuando el clon de Yamato encuentra la trampa de Orochimaru. Naruto, Sakura y Yamato están persiguiendo a Orochimaru cuando Sakura de repente al agarrarse a un árbol se cae a causa de la herida que le hizo Kyūbi. Naruto le pregunta a Sakura quien la había herido a lo que ella responde que fue Orochimaru, el clon de Yamato descubre la trampa pero mientras hablaba con Yamato el clon ve dos notas explosivas y se pier

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...