Naruto tiene una "batalla" con un kunai contra Sai, quien se defiende con su katana, quien luego es atacado por Shikamaru con su posesión de sombra y desaparece... Y aparece por primera vez Ino. La discusión de Tsunade por decidir si mandar o no a Naruto a la misión se lleva a cabo con los ancianos de la aldea quienes presentan a Danzō, quien dice que ya seleccionó a una persona para el equipo, de su organización raíz ANBU....Tsunade decide llamar a alguien de ANBU para que vaya en remplazo de Kakashi, a quien da el nombre de Yamato y le dice que esté muy al pendiente del nuevo integrante del equipo, Sai. Luego están Naruto y Sakura esperando que lleguen los nuevos integrantes de su equipo, y Naruto se da cuenta de que el nuevo integrante en reemplazo de Sasuke es Sai.

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...