El joven monje Sora, del Templo del Fuego, ahora separado del Equipo Kakashi, baja a la última tumba, encontrándose con el líder de toda esta confusión, Furiido. En medio de la pelea, Furiido alaba las habilidades de Sora, diciendo que tiene un poder divino. A su vez, le dice que era amigo de su padre, justo antes de desaparecer. Después de la pelea, Sora se dirige hacia donde esta Naruto ya que sintió que este lo llamaba y quien ahora está siendo atacado, por suerte los monjes del Templo del Fuego vienen como refuerzo y los Ninjas desaparecen. Más tarde Yamato decide llevarse a Sora a Konoha.

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...