Sasori y Deidara (dos miembros de Akatsuki) llegan a la Aldea Oculta de la Arena, donde Yūra, el espía, los espera. Naruto y Sakura son sometidos a una prueba contra Kakashi para demostrar lo que han aprendido y conseguido en estos años, haciendo lo que al principio de la serie no pudieron hacer: quitarle los cascabeles. Mientras tanto, Yūra le permite la entrada a la Aldea de la Arena a lo Sasori y Deidara.

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...