El objetivo por el cual habían sido elegidos los de Konoha era por que Los doce Ninjas que protegían al señor feudal, actualmente cuatro de ellos muertos, quieren ser robados por motivos desconocidos por cuatro Ninjas. Más tarde Naruto sale en busca de Sora_(Naruto_Shippuden) y lo encuentra entrenando con técnicas de viento. Naruto se da cuenta de que por alguna razón a él lo miran con los mismos ojos que lo miraban a él cuando aún era un chico. Sora le confiesa que quiere ser fuerte y vengar la muerte de su padre y juntos vuelven al templo. Mientras tanto los monjes observan que las tumbas han sido robadas y sin dudarlo más, el equipo Yamato sale en busca de ellas.

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...