Naruto, con el Kyūbi activado en su interior, ataca a Orochimaru cuando éste comienza a hablar de Sasuke. El golpe de Naruto envía a Orochimaru a unos 50 metros de distancia. Yamato, Sai y Sakura, al igual que Kabuto, se sorprenden por ver tal poder y Kabuto felicita a Naruto de que se haya convertido en un gran Jinchūriki. Tras una cordial felicitación del propio Orochimaru, se ve como a través de su cara/máscara destrozada aparece el rostro de Gen'yūmaru, el joven cuyo cuerpo está utilizando Orochimaru a espera de poder hacerse con el de Sasuke.

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...