Naruto, Sakura y Sai se preparan para interceptar al espía que Sasori tiene infiltrado entre los hombre de Orochimaru. Entonces, Yamato usa su técnica y se convierte en Sasori. Cuando el espía llega el puente todos se llevan una gran sorpresa al descubrir que se trata de Kabuto, el subordinado de Orochimaru. Mientras tanto, Orochimaru, que los estaba espiando sin que estos se diesen cuenta, aparece de repente atacando a Kabuto el cuál estaba hablando con Yamato (camuflado como Sasori). Kabuto se pusó al lado del falso Sasori y lo atacó de repente la marioneta se rompió y de ella salió Yamato. Orochimaru le reconoce y además le pide que llame a los tres que lo acompañan y que estaban ocultos. Orochimaru, se sorprende al ver a Naruto y Sakura, acompañados por el sustituto de Sasuke, Sai. Finalmente Naruto, enfadado, nota como el Kyūbi comienza a despertar en su interior.

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...