Naruto sigue entrenando después de hacer el Taju Kage Bunshin no jutsu con el cual comienza a intentar romper una hoja. Mientras tanto un clon de Naruto sale a pedir consejo a otro usuario del Elemento viento, Asuma Sarutobi, quien le recomienda que tiene que afilar el chakra en partes muy finas como sus cuchillas. Tsunade se ve obligada a mandar a Sai, Sakura, Yamato y Naruto a una misión de rango B, mientras que el equipo de Asuma se dirige a otra misión. En los límites del País del fuego una aldea se encuentra destruida, cuatro Ninjas la observan desde arriba hablando de cómo cambiar el País del Fuego, su objetivo es deshacerse de Konoha, muchos serán los peligros que les aguarden, pero deberán estar preparados para destruir el mal.

La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...