Rin le da a Shirou la opción de traicionar a Saber y renunciar como maestro o ella le romperá el brazo y hará que sea imposible ser usado alguna vez. Antes de que Rin pueda hacer algo, oyen un grito y Shirou va a investigarlo, seguido por Rin. Los dos encuentran a una chica inconsciente en el suelo. Rin comienza a atenderla y Rin no puede concentrarse con la puerta abierta al exterior, así que Shirou va a cerrarla. Justo en ese momento Shirou ve un clavo que se lanza hacia ellos, hacia la cabeza de Rin. Él lo bloquea con su brazo y es atravesado por el brazo por una espiga que luego desaparece. Un sirviente se revela a sí misma, ella usa cadenas y púas en el extremo de ellos como un arma y comienza a atacar a Shirou. El sirviente está a punto de matarlo, Rin dispara la cadena y libera a Shirou, haciendo que el Sirviente se retire. Rin pregunta quién era el maestro y Shirou dice que no sabe. Shirou se dirige a su casa con Archer como su acompañante hasta que llega sano y salvo a Saber.

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.