Con la aparición del misterioso Servidor de la clase Archer, Saber le dice a Shirou que escape mientras lo mantiene ocupado. Sin embargo, Shirou, sabiendo que Saber no pudo derrotarlo antes, tontamente intenta atacarlo de frente y con el chasquido de sus dedos Shirou es rápidamente derrotado. Will Saber tendrá la fuerza para derrotarlo, sobre todo ahora que conoce su verdadera identidad; dueño de todos los tesoros del mundo, el Rey de los Héroes de la antigua Uruk, Gilgamesh. Kirei Kotomine también parece jugar un papel importante en la Guerra del Santo Grial y no es porque sea el mediador.

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.