Archer ha sido derrotado por el inmejorable Beserker y ahora Shirou, Saber y Rin están haciendo todo lo posible para escapar de la misma suerte. Pueden encontrar refugio para esperar algún tiempo, porque Shirou tiene que encontrar la forma de reponer el maná de Saber mientras Ilya los busca. Con el sacrificio de Archer, Rin está mucho más decidida a salir de esto con vida y se le ocurre un plan elaborado. Comienza el comienzo de una pelea entre Sabre y Berserker.

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.