Shirou le presenta a Saber a Sakura y al único maestro que dice que es un pariente lejano. La maestra prueba las habilidades de Saber para poder defender a Shirou bastante patéticamente, le permite quedarse en la casa con él. Cuando Rin y Archer hablan, él le pregunta por qué no persigue a Shirou, un objetivo fácil de matar. Ella dice que si apareciera frente a ella sin darse cuenta, lo mataría. En la escuela, algunas chicas faltan a la escuela por segundo día consecutivo. Después de la escuela, Shirou se ha quedado para investigar esta desaparición cuando se encuentra con Rin. Rin se enfrenta a Shirou llamándolo idiota por caminar sin hacer nada sin su sirviente y ella lo ataca. Shirou huye de ella y se encierra en un salón de clases. Shirou hace la única magia que conoce y fortifica un escritorio para protegerse contra un ataque de Rin. Toda la escuela está siendo iluminada por estos acontecimientos, todo esto siendo observado por un personaje misterioso en los árboles y el episodio

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.