Saber parece que no puede olvidar a Shirou, pero es de corta duración cuando se entera por Rin de que Ilya tiene una fiebre terrible y puede que no dure mucho. Mientras tanto, Shirou sigue desaparecido, ya que no ha regresado de la noche anterior y Saber sabe que solo hay un lugar donde podría estar, la iglesia. No pasa mucho tiempo para que Saber se dé cuenta de que Shirou está herida en el piso, pero no puede hacer nada porque Lancer la saludó. Saber debe decidir si realmente desea el Santo Grial ya que se le ha dado un medio para adquirirlo. Kirei Kotomine revela lo que sucedió realmente al final de la última Guerra del Santo Grial y ¿qué harán Shirou y Saber sabiendo el verdadero significado del Santo Grial?

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.