Shirou se duerme y ve un sueño de un flashback del pasado de Saber. Vemos a Saber en paños antiguos que suben a una espada en una piedra. Saber se despierta y se da cuenta de que Shirou ya no está. Habla con Rin y, a pesar de la objeción de Archer, lo buscan, sospechando que ha sido secuestrado por un enemigo. Shirou se despierta en la casa de Ilya como su prisionero. Ilya dice cómo quiere que Shirou se convierta en suya.

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.