Después de una sesión de entrenamiento por la mañana con Sabre, Shirou es arrastrada por Rin para un entrenamiento más de la suya. Mientras esto sucede, Shirou recibe una llamada telefónica de Shinji, pidiéndole a Shirou que lo encuentre en la escuela. Debido a que parecía urgente, Shirou se dirige a la escuela y se sorprende grandemente por lo que ve. Shinji muestra sus verdaderos colores y dice cómo quería mostrarle a Rin que era superior a Shirou y que lo derrotaría aquí. ¿Qué le sucederá a Shirou y tendrá la voluntad de luchar contra un Maestro y su Siervo, solo?

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.