Después del incidente en la iglesia, Saber y Shirou regresan a casa solo para encontrar a Rin en el piso y gravemente herido. Resulta que Kirei Kotomine la atacó, mientras que Shirou y Saber estaban ocupados y eso no es todo porque también se ha llevado a Ilya y planea hacerle el sacrificio por el Santo Grial. Ayudados con el último consejo de Rin, ambos se dirigen a Ryudouji, donde Kirei convocará al Santo Grial. Saber volverá a pelear con Gilgamesh y Shirou tendrá que dejarla y tratar con Kirei, quien obviamente tiene algún tipo de venganza personal contra Shirou. La pelea final acaba de comenzar.

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.