Después de la reunión con Kirei Kotomine, Shirou y Rin abandonan la iglesia solo para encontrarse con otro Maestro que se hace llamar Illyasviel von Einzbern. Saber se ve obligado a entrar en combate contra un servidor incomprensiblemente más fuerte, llamado Beserker. Dado que la lesión previa de Saber sigue causando problemas importantes y reduciendo su capacidad de combate, ¿hay alguna posibilidad de que gane?

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Shinto. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su fallido intento en ser un "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cualquier vida. Por petición de Shirō, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero descubre que Shirō no tiene talento ni para la mayoría de hechizos fundamentales, por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.