Merle, enferma y herida, es llevada al castillo; ella revela que Fanelia ha sido completamente destruida. El castillo es atacado por Guymelefs invisibles y reducido a cenizas. Hitomi, Van, Allen y su tripulación intentan escapar en el barco de Allen, The Crusade, pero resulta que los Guymelefs enemigos pueden volar. Para que los demás escapen, Van usa Escaflowne, que se convierte en un dragón, para alejar al enemigo.

La historia comienza el día en que Hitomi Kanzaki, una estudiante de 15 años, se entera de que Amamo, su amor imposible, va a dejar la escuela para irse al extranjero. Ella le propone un beso con la condición de superar su marca en una carrera de 100 metros. Cuando se dispone a correr, frota su amuleto de la suerte y se concentra. Es entonces cuando siente que es transportada a un lugar lejano y se encuentra frente a frente con Van... Desde ahora la aventura comienza en otro planeta.