Van sale de Escaflowne, gravemente herido. Hitomi se da cuenta de que las heridas de Van coinciden con el daño de Escaflowne. Van y conocen al prometido de Millerna, Dryden, quien convoca a los Ispanos para arreglar Escaflowne, curando a Van. Dilandau y los Matadragones se acercan a la Cruzada. Van se dirige a luchar contra los Dragonslayers y logra matar a cada uno de ellos. Sin embargo, después de ver a sus fantasmas, Van colapsa junto con Escaflowne, que se vuelve negro.

La historia comienza el día en que Hitomi Kanzaki, una estudiante de 15 años, se entera de que Amamo, su amor imposible, va a dejar la escuela para irse al extranjero. Ella le propone un beso con la condición de superar su marca en una carrera de 100 metros. Cuando se dispone a correr, frota su amuleto de la suerte y se concentra. Es entonces cuando siente que es transportada a un lugar lejano y se encuentra frente a frente con Van... Desde ahora la aventura comienza en otro planeta.