La madre de Van le da una nueva energía antes de desaparecer. De repente, Allen, Hitomi y Van son transportados a Zaibach donde se encuentran con Dornkirk. Dornkirk les cuenta cómo llegó a convertirse en el hombre que conocen hoy y luego los coloca en jaulas. Cuando los hechiceros intentan desmantelar Escaflowne, Van casi muere de dolor. Sin embargo, usa sus habilidades para que Escaflowne escape y los transporte fuera de Zaibach.

La historia comienza el día en que Hitomi Kanzaki, una estudiante de 15 años, se entera de que Amamo, su amor imposible, va a dejar la escuela para irse al extranjero. Ella le propone un beso con la condición de superar su marca en una carrera de 100 metros. Cuando se dispone a correr, frota su amuleto de la suerte y se concentra. Es entonces cuando siente que es transportada a un lugar lejano y se encuentra frente a frente con Van... Desde ahora la aventura comienza en otro planeta.