En Mystic Valley, Van ve imágenes de Balgus y sus mentores de Fanelia, Allen descubre la verdad sobre lo que le sucedió a su padre y se enfrenta a él, mientras que Hitomi se entera de la madre de Van que es su culpa que hayan pasado cosas malas. Con el poder de su mente amplificado por su adivinación, Hitomi ha hecho que el destino empeore. De repente, Naria y Eriya llegan al Valle Místico, sin embargo Escaflowne transporta a todos.

La historia comienza el día en que Hitomi Kanzaki, una estudiante de 15 años, se entera de que Amamo, su amor imposible, va a dejar la escuela para irse al extranjero. Ella le propone un beso con la condición de superar su marca en una carrera de 100 metros. Cuando se dispone a correr, frota su amuleto de la suerte y se concentra. Es entonces cuando siente que es transportada a un lugar lejano y se encuentra frente a frente con Van... Desde ahora la aventura comienza en otro planeta.