Las fuerzas de Freid que defienden la capital se sacrifican para que el duque y los demás puedan escapar. Se dirigen al Templo de Fortuna, donde el Duque Freid les dice a todos cómo Freid posee el poder de la Atlántida, que terminó causando la destrucción de esa nación un sinnúmero de años antes. Hitomi encuentra a Van jugando con Escaflowne y él le dice que se convertirá en uno con él. La batalla culmina en el templo y el Duque Freid muere después de decidir entregar el poder a Zaibach. Cuando Chid le entrega el poder a Folken, la Cruzada se va volando. Sin embargo, algo anda mal con Escaflowne.

La historia comienza el día en que Hitomi Kanzaki, una estudiante de 15 años, se entera de que Amamo, su amor imposible, va a dejar la escuela para irse al extranjero. Ella le propone un beso con la condición de superar su marca en una carrera de 100 metros. Cuando se dispone a correr, frota su amuleto de la suerte y se concentra. Es entonces cuando siente que es transportada a un lugar lejano y se encuentra frente a frente con Van... Desde ahora la aventura comienza en otro planeta.