Hitomi y Van van al Reino de Fanelia, del cual Van es Príncipe. Poco después de su llegada, Van es coronado Rey por derrotar al dragón. Hitomi se encuentra con una chica-gato llamada Merle, que es muy cercana a Van y no le gusta Hitomi. El mentor de Van, Balgus, promete ayudar a encontrar la manera de devolver a Hitomi a casa después de la coronación. Durante la coronación de Van, el reino es atacado por Guymelefs encapuchados. En un esfuerzo por salvar el reino, Van hace un pacto de sangre con un poderoso Guymelef llamado Escaflowne, y lo usa para luchar contra los Guymelefs enemigos. Es demasiado tarde, el reino es destruido y su gente se dispersa. Van y Hitomi luego escapan en una extraña columna de luz.

La historia comienza el día en que Hitomi Kanzaki, una estudiante de 15 años, se entera de que Amamo, su amor imposible, va a dejar la escuela para irse al extranjero. Ella le propone un beso con la condición de superar su marca en una carrera de 100 metros. Cuando se dispone a correr, frota su amuleto de la suerte y se concentra. Es entonces cuando siente que es transportada a un lugar lejano y se encuentra frente a frente con Van... Desde ahora la aventura comienza en otro planeta.