En medio de innumerables muertes, Subaru finalmente llevó a las tropas a la victoria contra la Ballena Blanca y anuló los planes del Arzobispo Sin Arzobispo de Sloth. Después de superar un doloroso final a estas pruebas, se reunió por fin con su amada Emilia ... solo para enterarse de que la existencia de Rem había sido borrada del mundo, borrada por la Ballena Blanca en algún lugar en medio de su ciclo de muerte. Y ahora que la Ballena Blanca es derrotada, Subaru y los demás enfrentan una crisis que nadie podría haber esperado.

En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.