Kurama libera a Nana de las instalaciones con unas protesis nuevas puestas posterior a la batalla de Lucy y le da dinero para que pueda vivir por su cuenta por un tiempo. Mayu la encuentran y se hacen amigas de inmediato, ella la invita a casa de Kōta donde se encuentra con Nyu y reacciona de manera agresiva al reconocerla.

La historia comienza con una joven, llamada Lucy, escapando de unas instalaciones de investigación en una isla cercana a la costa de Kamakura en la prefectura de Kanagawa, Japón. Desarmada y desnuda, a excepción de un casco de metal que oculta sus rasgos, consigue salir del recinto tras desmembrar y asesinar a varios guardias y empleados utilizando una especie de poderes sobrenaturales. Momentos antes de escapar, un francotirador le dispara a la cabeza con un fusil de calibre .50, provocándole una herida leve al partir el casco y descubriendo dos protuberancias óseas, como pequeños cuernos, saliendo de su cabeza; tras esto, la joven cae inconsciente por un acantilado al mar.