historia se centra en Lucy, una Diclonius (una mutación del ser humano que se caracteriza por tener dos cuernos en la cabeza y dos brazos invisibles) que consigue escapar del centro de investigación donde la tenían retenida para estudiarla. En la huida, es alcanzada por un francotirador que le destruye el casco que protegía su cabeza dejándola inconsciente. Lucy es arrastrada por las olas hasta una playa donde es encontrada por Kōta y Yuka. Debido al impacto, Lucy ha perdido la memoria por completo y pasa de ser una sádica asesina a una inocente chica que solo sabe decir "Nyu". Con el paso del tiempo, Lucy ira recordando cosas del pasado.

La historia comienza con una joven, llamada Lucy, escapando de unas instalaciones de investigación en una isla cercana a la costa de Kamakura en la prefectura de Kanagawa, Japón. Desarmada y desnuda, a excepción de un casco de metal que oculta sus rasgos, consigue salir del recinto tras desmembrar y asesinar a varios guardias y empleados utilizando una especie de poderes sobrenaturales. Momentos antes de escapar, un francotirador le dispara a la cabeza con un fusil de calibre .50, provocándole una herida leve al partir el casco y descubriendo dos protuberancias óseas, como pequeños cuernos, saliendo de su cabeza; tras esto, la joven cae inconsciente por un acantilado al mar.