La historia comienza en el mundo de los shinigami, donde uno de estos seres llamado Ryuk, se encontraba aburrido; por otro lado, en el mundo humano, Light Yagami, un estudiante japonés, igualmente estaba aburrido. Un día, cuando Light termina las clases, encuentra un cuaderno negro tendido en el suelo, llamado «Death Note», un cuaderno sobrenatural que es capaz de matar personas si se escriben los nombres en él y si el portador visualiza mentalmente la cara de quien quiere asesinar. Más tarde comienza a leer las instrucciones y decide probarlo con un hombre que tenía secuestradas a varias personas. Cuarenta segundos después de haber escrito el nombre en la libreta, el secuestrador muere. Asombrado por el poder del cuaderno y al mismo tiempo dudoso, decide probarlo con otra persona, eligiendo a un joven que pretendía abusar de una chica y efectivamente el hombre muere, por lo que se da cuenta que su poder es real. Después de cinco días, recibe la visita de Ryuk, a quien Light le cuenta

Light Yagami es un excelente estudiante japonés que ha tenido una vida un tanto aburrida. Esto cambia radicalmente cuando encuentra tirado en el patio de la escuela un cuaderno negro conocido como Death Note (Libreta de la Muerte), perdido por un Shinigami (Dios de la muerte) llamado Ryuk. Cualquier humano cuyo nombre sea escrito en dicho cuaderno morirá; y, Light -luego de leer las instrucciones en el mismo- ha decidido utilizar este poder para crear un mundo sin criminales, "perfecto" según su visión. Cuando los criminales comienzan a morir de forma masiva y generalmente víctimas de ataque cardíaco, las autoridades envían al legendario detective L en busca del asesino. Con L pisándole los talones: ¿podrá mantener Light su propósito incluso arriesgando su vida?