Mientras que Kōichi es interrogado por la policía con el caso de Sanae, la Clase 3-3 hace una reunión de emergencia. A su regreso, el salón de clases está vacío y los compañeros de Kōichi no están en ninguna parte. Él va con Yūya y Ikuo Takabayashi, en su camino a casa les pregunta acerca de respuestas, pero Ikuo tiene un ataque al corazón y muere antes de ser ayudado. Al siguiente día, Kōichi es completamente ignorado por sus compañeros. Él intenta de entender por qué la clase está actuando de esa manera, recibe una nota diciéndole que Mei puede darle una explicación. Más tarde, visita la tienda de muñecas una vez más y Mei finalmente le revela el misterio entre las muertes y la historia de la Clase 3-3.

La historia se centra en una clase maldita y en los hilos del destino que llevan a todos los alumnos y alumnas de la misma hasta a la muerte. Hacía 26 años iba a esa clase una chica llamada Misaki. Buena deportista, popular, caía bien a todo el mundo, las mejores notas? pero un día murió dejando un vacío enorme en sus compañeros de clases. Estos, decididos a no olvidarla, siguieron actuando como si Misaki siguiera viva hasta la graduación. Años después, en primavera de 1998, un chico llamado Koichi Sakakibara es transferido a esa clase para no tardar en darse cuenta de que hay algo raro ahí, especialmente con esa tal Misaki que siempre ve al fondo de clase dibujando sola y que lleva un parche.